1. 质检文件：样本质检报告和质控报告；

2. 测序数据质量报告，包含所有测序序列的序列信息，去除原始数据中的低质量序列和接头；

3. 数据分布的随机性分析；

4. 功能注释；

5. 与参考序列比对，统计差异表达基因；

6. 根据客户的要求，比较不同处理间的差异表达基因；

7. 对差异表达基因做GO分类图、KEGG富集分析、基因表达模式聚类分析等；

8. 蛋白互作网络分析。

1. 数字化信号：直接测定每个基因的特异表达标签序列，通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度；

2. 可重复性高：不同批次的表达谱度量准确，能够更准确的进行表达差异分析；

3. 高灵敏度：对于表达存在差异的基因能够灵敏的检测其表达差异，能够检测出低丰度的表达基因；

4. 高通量和高覆盖度：一次测序可得到1千万以上的mRNA标签，一次测序即可鉴定样本中所有转录本信息；

5. 高准确性：使用RPKM方法计算基因表达量，消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响确保基因表达量计算的高准确性。

6. 测序读长更长：优化建库方案，增加测序读长，使数据分析更准确。

（一）样品类型

　　1. 总RNA：样品浓度≥200 ng/µl，样品总量≥10 µg；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260 nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。

　　2. 组织：植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中；动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取（普通样品0.6 g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送）；

（二）样本运输

　　1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。